06:21 < alain_afpy> ERROR membres(2) HTTPConnectionPool(host='www.afpy.org', port=80): Request timed out. (timeout=10)
06:24 < alain_afpy> INFO membres fixed
07:45 < alain_afpy> ERROR www(2) timed out
07:48 < alain_afpy> INFO www fixed
08:46 < foxmask> yo
08:46 < foxmask> j'ai une question conne sur un projet qui n'est pas opensource parce que réalisé au bureau, mais que j'aimerai publié. Si je réécris le soft "à la maison", ai je les coudées franches ?
08:52 < HarmO_> foxmask me suis posé le même genre de question, la plupart de mon taf en python est en private
08:53 < feth> foxmask: carrément pas
08:54 < feth> si tu cherches les ennuis, recode chez toi un truc fait au taf :)
08:54 < HarmO_> peut-être qu'en "isolant" juste des morceaux d'app ?
08:55 < foxmask> feth: ok
08:55 < feth> avec l'accord de l'employeur, ou un conseil juridique
08:56 < feth> je dis pas que l'employeur aurait raison ou même gain de cause, mais c'est chercher les ennuis
08:56 < foxmask> nan mais j'aime bien les reponses tranchées ; ca me va ; négocier ca c'est hors de question
09:03 < grenoya> bonjour
09:27 < foxmask> bonne journée
10:48 < misc> sinon, y a l'option de faire couler la boite et de publier aprés
10:50 < feth> misc: tu connais des gens qui font ça ?
10:51 < misc> feth: bien sur que non, ça serait purement theorique
10:51 < feth> le problème c'est qu'il faut pouvoir faire la maintenance des instances installées après
10:52 < NelleV> feth: je ne pense pas que recoder soit une option légale.
10:54 < misc> *khof* hadoop *khof*
10:54 < misc> ou pants
10:54 < misc> ou coreos
10:54 < misc> ou tout les trucs repompés par les ingés qui sont parti de google/twitter/facebook
10:58 < feth> NelleV: un process de traitement de l'information s'apparente à un procédé mathématique, on ne peut pas se le réserver
10:59 < NelleV> feth: pour fftw, il parait que ce n'est pas une option de recoder sous une licence utilisable.
10:59 < feth> NelleV: je parle de la France
10:59 < misc> ça peux ne pas être une option pour des questions de temps
11:00 < feth> et je pense que ça empêche pas de passer par le tribunal
11:00 < NelleV> feth: ah. Dans ce cas, en effet, si c'est que légal en france c'est pas une option
11:00 < misc> NelleV: il parle de la ou il exerce comme juriste, vu qu'il arrete pas de dire qu'il faut voir avec un juriste pour un reglement intérieur :)
11:00 < NelleV> misc: légalement pas une option.
11:00 < feth> NelleV: si on laissait faire les USA, t'aurais pas le droit de faire des additions pour cause de brevet
11:01 < feth> si un calcul n'est pas compréhensible par un enfant de 6 ans, alors un juge pensera qu'il est brevetable
11:04 < NelleV> feth: FYI, les US sont en avance sur la question du brevetage du code génétique.
11:04 < NelleV> par rapport a nous.
11:04 < NelleV> feth: c'est illégale aux US, et toujours légale en France.
11:05 < feth> c'est cool ça
11:05 < feth> je pense pas que la France soit un modèle pour tout, hein :)
11:05 < feth> juste, faut prendre ce qu'il y a à prendre partout...
11:06 < NelleV> en fait, c'est toujours légale en Europe, pas seulement en France.
11:09 < jon1012> (en parlant de ca, vous connaissez de bonnes libs python pour bosser avec des SNPs ?)
11:09 < jon1012> (j'ai fait le 23andme test et j'ai mon fichier brut avec lequel bidouiller)
11:11 < NelleV> jon1012: quel est le format du fichier ?
11:11 < NelleV> c'est un bed ?
11:12 < jon1012> nan un .txt
11:12 < NelleV> jon1012: tu peux me copier coller la première ligne dans un pad ?
11:12 < jon1012> genre ca ressemble à ca le début : (y'a d'autres # au début mais pas important)
11:12 < jon1012> yes
11:13 < jon1012> NelleV, https://mensuel.framapad.org/p/niMM3J8FSO
11:13 < jon1012> (en fait du coup j'ai mis tous les #)
11:14 < NelleV> jon1012: ca n'a pas l'air d'être un format standard.
11:14 < jon1012> j'ai pas regeneré de raw depuis, faut que je le refasse ils ont un peu ajouté de trucs je crois, mais le format restera le même
11:14 < alain_afpy> WARNING !!! YAKAFOKON DETECTED !!!!
11:15 < jon1012> NelleV, d'acc
11:15 < NelleV> jon1012: d'ailleurs leur information est incomplète.
11:15 < jon1012> NelleV, comment ca ?
11:15 < NelleV> tu n'as pas les indications d'indel (insertion deletion)
11:16 < NelleV> jon1012: est-ce que tu sais si ils font du whole genome ou "seulement" l'exome, ie les parties avec des gènes ?
11:16 < jon1012> le fichier ne fait que 610000 lignes
11:16 < jon1012> donc que certains SNPs je pense
11:16 < jon1012> y'a pas tout loooiiinnn de là :)
11:16 < jon1012> mais j'ai le MT et le X et Y
11:17 < NelleV> ouep, ca doit être que sur l'exome
11:17 < NelleV> mmh.
11:17 < NelleV> jon1012: tu veux en faire quoi ?
11:18 < jon1012> NelleV, bahh m'amuser un peu :) voir les trucs interessants
11:18 < NelleV> de toute facon les outils standards ne fonctionneront pas
11:18 < jon1012> aïe ok
11:19 < NelleV> jon1012: tu peux peut-être regarder des informations alléliques
11:20 < jon1012> NelleV, ouais, j'ai regardé quelques trucs depuis snpedia avec un editeur de texte et de la recherche dans le fichier
11:29 < jon1012> NelleV, après je connais pas du tout les logiciels traditionnels pour ca
11:30 < jon1012> NelleV, j'ai vu cette thread ou des gens disent qu'ils peuvent convertir https://www.biostars.org/p/102109/
11:30 < NelleV> jon1012: http://scikit-bio.org/
11:30 < jon1012> NelleV, nice !
11:31 < NelleV> convertir en fasta est pas une bonne idée
11:31 < NelleV> les fasta sont les fichiers de sortie d'un séquenceur, donc cela ne te sera pas utile
11:31 < NelleV> jon1012: le format qu'il te faut, c'est du vcf
11:32 < NelleV> une fois que tu as le vcf, je me demande si tu ne peux pas tout simplement uploader le fichier sur le genome browser.
11:34 < jon1012> NelleV, dans mon fichier j'ai des D et des I j'imagine que c'est les indel , je viens d'ajouter des lignes ou j'en ai vu
11:35 < jon1012> NelleV, je vais essayer avec plink pour un fichier vcf
11:36 < NelleV> jon1012: je ne comprends pas bien ces lignes : quand tu as des indels, il te faut la séquence d'origne et la séquence "d'arrivée" sur un petit bout afin de savoir quelles bases ont été enlevées/rajoutées
11:38 < jon1012> NelleV, ok
11:40 < NelleV> jon1012: en fait, je pense que les indels en exome doivent être assez rares
11:41 < NelleV> jon1012: car si tu retires une seule base ou deux bases, tout le code est "shifté", et la protéine doit avoir rien à voir avec la plus commune.
11:41 < NelleV> ca parait… dangereux :p
11:41 < jon1012> NelleV, ok
11:42 < jon1012> NelleV, ils disent qu'il faut avoir une base d'indel pour savoir à quoi ca correspond
11:42 < jon1012> NelleV, "What's "--snps-only no-DI", you ask? Well, 23andMe files contain mostly SNP calls, but there are a few indel calls as well. Unfortunately, the actual bases involved in the indels are NOT saved; instead, there's just 'D' for deletion and 'I' for insertion, and you'd need an indel database to determine a valid VCF representation of the call. So we just punt here and filter out all markers with 'D' or 'I' allele codes."
11:42 < NelleV> sauf si c'est une insertion ou une deletion de trois paire de base, et dans ce cas, seule un acide aminé de la chaine est "sauté" ou rajouté
11:42 < NelleV> jon1012: ok
11:43 < jon1012> bon du coup, les indel virés j'ai mon vcf grace à plink2 :)
11:45 < jon1012> NelleV, le genome browser c'est un site ?
11:47 < NelleV> jon1012: oui
11:47 < NelleV> https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks
11:48 < NelleV> jon1012: mais je ne suis pas sure que ce soit possible.
11:48 < NelleV> si c'est possible, cela te simplifiera probablement drolement la vie :)
11:49 < NelleV> FYI, les informaticiens ne savent pas faire des UI utilisables…
11:49 < NelleV> les bio-informaticiens*
11:53 < jon1012> NelleV, en effet...
11:53 < misc> (les informaticiens aussi, ceci dit)
11:55 < jon1012> l'interface est bizarre :)
11:56 < jon1012> NelleV, merci beaucoup !
12:21 < alain_afpy> ERROR www(2) timed out
12:24 < alain_afpy> INFO www fixed
22:19 < afpy_user|83423> bonsoir à tous
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